Kementerian Dalam Negeri, sebagai instansi yang mempunyai kedudukan dan posisi yang sangat strategis menjadi sorotan dari berbagai penjuru, sehingga dituntut untuk melakukan reformasi birokrasi. Meskipun instansi Kemendagri tidak berhadapan langsung dengan masyarakat, tapi kebijakan Kemendagri akan berdampak langsung kepada masyarakat, dan untuk itu sudah terbentuk Tim Reformasi Birokrasi dengan Keputusan Menteri Nomor 100.05-757 Tahun 2009. Ruang lingkup reformasi birokrasi pada prinsipnya menyangkut berbagai bidang antara lain bidang organisasi, yang mengatur tentang tugas, fungsi, kewenangan, susunan organisasi dan tata kerja, bidang tata laksana, yang mengatur tentang sistem dan prosedur, standarisasi, sarana dan prasarana, bidang kepegawaian, terkait dari aspek manajemen kepegawaian, mulai dari proses rekruitmen, pola karier dan kesejahteraan, serta bidang hukum dan perundang-undangan.

Beberapa  permasalahan dan isu strategis yang muncul ke permukaan akhir-akhir ini perlu disikapi dengan arif dan bijaksana bertujuan mendorong dan mewujudkan pemerintahan yang bersih dan berwibawa, akuntabel dan transparan sebagai unsur apartur pemerintahan. Reformasi birokrasi pada tatanan Pemerintah Daerah diarahkan untuk mewujudkan implementasi otonomi daerah dengan tujuan peningkatan pelayanan dan kesejahteraan masyarakat, demokrasi, keadilan dan pemerataan, melalui pemberdayaan masyarakat menumbuhkan prakarsa dan kreativitas serta meningkatkan peran serta masyarakat.

Kebijakan dalam penataan kelembagaan pemerintah, baik Pemerintah Pusat maupun Pemerintah Daerah lebih diarahkan pada upaya rightsizing yaitu upaya penyederhanaan birokrasi pemerintah yang diarahkan untuk mengembangkan organisasi yang lebih proporsional, datar (flat) hierarki yang pendek dan terdesentralisasi kewenangannya. Penyelenggaraan urusan pemerintahan dibagi berdasarkan kriteria eksternalitasi, akuntabilitas, efisien dengan memperhatikan keserasian hubungan antar susunan pemerintahan, terdiri atas urusan wajib dan urusan pilihan.

Penyelenggaraan urusan pemerintahan merupakan pelaksanaan hubungan kewenangan antar Pemerintah dan pemerintahan  daerah provinsi, kabupaten, dan kota  atau antar pemerintahan daerah yang saling terkait, tergantung, dan sinergis sebagai salah satu sistim pemerintahan. Penyelenggaraan urusan pemerintah yang bersifat wajib yang berpedoman pada standar pelayanan minimal dilaksanakan secara bertahap dan ditetapkan oleh Pemerintah, sedangka urusan pemerintahan provinsi yang bersifat pilihan meliputi urusan pemerintahan yang secara nyata ada dan berpotensi untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat sesuai dengan kondisi, kekhasan, dan potensi unggulan daerah yang bersangkutan.

Sebagai tindak lanjut Undang-Undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara dan Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara, nomenklatur Departemen Dalam Negeri dirubah menjadi Kementerian Dalam Negeri sebagaimana ditetapkan dalam Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 3 Tahun 2010 tentang Nomenklatur Kementerian Dalam Negeri. Dasar pertimbangan hukum yang mendukung arah pelaksanaan reformasi birokrasi di bidang organisasi untuk menyempurnakan tupoksi Kementerian Dalam Negeri, yaitu bahwa fungsi Kementerian Dalam Negeri secara tegas diamanatkan adalah:

1. Undang Undang Nomor 43 Tahun 1999 tentang Pokok-Pokok Kepegawaian;
2. Undang-Undang Nomor 39 Tahun 2008  tentang Kementerian Negara, pada Pasal 8 ayat (1) huruf d;
3. Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara, Pasal 26 ayat (1) huruf d, yakni: pelaksanaan kegiatan teknis dari pusat sampai ke daerah sedangkan pada Kementerian lain  diatur dalam Pasal 26 ayat (2) huruf d, yaitu : pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian di daerah;
4. Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 130 Tahun 2003 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Dalam Negeri;
5. Peraturan Menteri Dalam Negeri Menteri Dalam Negeri Nomor 164 Tahun 2004 tentang Organisasi Subbagian, Seksi dan Subbidang di Lingkungan Departemen Dalam Negeri;
6. Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 50 Tahun 2008 tentang Perubahan Kedua Atas Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 130 Tahun 2003 Tentang Organisasi Dan Tatakerja Departemen Dalam Negeri;
7. Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 51 Tahun 2008 Tentang Perubahan Atas Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 164 Tahun 2004 Tentang Organisasi Subbagian, Seksi Dan Subbidang Di Lingkungan Departemen Dalam Negeri
8. Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 4 Tahun 2005 tentang Pedoman Analisis Jabatan Depdagri dan Pemerintah Daerah; dan
9. Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 12 Tahun 2008 tentang Pedoman Analisis Beban Kerja di Lingkungan Depdagri

Organisasi disusun berdasarkan visi, misi, dan strategi yang jelas.    Dengan visi dan misi yang jelas, akan dapat disusun organisasi yang benar – benar sesuai dengan tuntutan kebutuhan dan terutama mampu menyeimbangkan antar kemampuan sumber daya organisasi dengan kebutuhan nyata masyarakat dan operasionalnya ditetapkan dalam rencana strategi.  Penataan organisasi berdasarkan pendekatan fungsi, yaitu fungsi staf, fungsi lini, dan fungsi pendukung yaitu Fungsi staf  adalah fungsi yang berkaitan dengan kordinasi dan perumusan kebijakan serta pelayanan adminitratif untuk kelancaran tugas pokok organisasi, Fungsi lini adalah fungsi yang berkaitan dengan pelaksanaan kegiatan yang langsung berhubungan dengan tugas pokok organisasi, dan Fungsi pendukung (advisory) adalah fungsi yang berkaitan dengan pemberian dukungan (keahlian/substansi dan standarisasi) terhadap pelaksanaan tugas satuan organisasi lain.

Pembentukan suatu organisasi harus didasarkan pada kewenangan yang jelas, sehingga mekanisme pengambilan keputusan pada masing-masing unit organisasi dapat menunjukkan keseimbangan kewenangan dan tanggung jawab. Semua tugas organisasi harus dibagi habis ke dalam satuan-satuan organisasi  di bawahnya sehingga tidak ada tugas yang tidak tertangani dalam rangka kejelasan pertanggungjawaban dan memperkecil tugas saling tumpang tindih, sebagai berikut:

1. Organisasi flat atau datar. Sebagai organisasi yang langsung bersentuhan dengan kepentingan masyarakat, maka organisasi perangkat daerah hendaknya lebih berbentuk flat atau datar yang berarti struktur organisasinya tidak perlu terdiri dari banyak tingkatan atau hierarkhi, dengan demikian, proses pengambilan keputusan dan pelayanan akan lebih cepat. Sejalan dengan bentuk organisasi yang flat, organisasi hendaknya lebih banyak diisi oleh pejabat-pejabat fungsional yang mengedepankan kompetensi dan profesionalitas dalam pelaksanaan tugasnya. Sebaliknya, jabatan struktural sebaiknya dibentuk dalam rangka mewadahi tugas-tugas yang bersifat manajerial saja sehingga perlu disederhanakan hanya untuk level pimpinan tertentu. Organisasi ramping dan rentang kendali. Dengan organisasi yang berbentuk ramping maka jumlah pembidangan secara horizontal harus ditekan seminimal mungkin melalui  regrouping yang terintegrasi sesuai dengan beban dan sifat tugasnya, sehingga rentang kendali (span of control) berada pada posisi ideal. 
2. Organisasi yang kontuinitas. Dalam pengorganisasian perlu ada kepastian bahwa tugas-tugas dalam organisasi akan  terus berlangsung dalam jangka waktu lama, untuk memberikan jaminan adanya keberlangsungan tugas dan kepastian dalam pelaksanaan tugas.
3. Organisasi bersifat jejaring ( networking ) dan koordinasi. etworking antar pemerintah daerah maupun dengan pihak lain menjadi sangat penting dalam rangka memanfaatkan keunggulan komparatif/keunggulan kompetitif masing-masingdaerah, Networking tersebut akan sangat bermanfaat sebagai sarana saling berbagi pengalaman (sharing of experience), Oleh karena itu, berbagai kalangan menilai bahwa organisasi   yang   sukses   adalah “ small organization but large networking“. Setiap satuan organisasi harus mempunyai hubungan kerja yang jelas satu dengan yang lain sehingga terdapat kesatuan arah dan tindakan atau keperpaduan dalam mencapai visi dan misi.
4. Organisasi bersifat fleksibel dan adaptif. Perubahan merupakan sesuatu yang konstan. Oleh karena itu, organisasi harus fleksibel dan adaptif, artinya bahwa organisasi itu mampu untuk mengikuti setiap perubahan yang terjadi terutama perubahan yang diakibatkan oleh perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.
5. Organisasi yang berorientasi hasil. Organisasi yang efiesien dan efektif dapat dilihat dari kinerjanya sehingga setiap satuan kerja harus dengan jelas terukur hasil yang akan dicapai (proses  input – out put - out come)
6. Organisasi Proporsioalitas. Desain organisasi harus memperhatikan keserasian antara besaran organisasi dengan beban tugas, kemampuan dan sumber daya yang dimiliki organisasi.
7. Organisasi menerapkan strategi “Learning Organization”. Organisasi perangkat daerah mau tidak mau harus berhadapan dengan perubahan yang sangat cepat. Dalam suasana tersebut diperlukan organisasi yang mampu mentransformasikan dirinya untuk menjawab tantangan-tantangan dan memanfaatkan kesempatan yang timbul akibat perubahan tersebut. Proses transformasi atau belajar dari setiap unsur dalam organisasi tersebut kita kenal sebagai “Learning Organization” atau “Organisasi Pembelajar”. Pada akhirnya organisasi yang cepat belajar belajar akan mampu beradaptasi dengan cepat terhadap perubahan yang terjadi.

Reformasi Birokrasi di bidang Kelembagaan (Penataan Organisasi) di lingkungan Kementerian Dalam Negeri dimulai sejak bergulirnya reformasi tahun 1998. Perubahan akan terus bergulir sejalan dengan perubahan lingkungan strategis, dinamika politik, dan perkembangan kemajuan tekhnologi informasi, yang keseluruhannya menuntut kearah yang lebih baik dimana pola pelayanan masyarakat dapat meningkat menjadi efisien dan efektif.

Reformasi di bidang Organisasi akan tetap dilaksanakan sejalan dengan  berbagai perubahan peraturan perundangan maupun tuntutan para stakeholder dan keterbukaan publik dan sebagai tindak lanjut Undang-Undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara dan Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara, nomenklatur Departemen Dalam Negeri dirubah menjadi Kementerian Dalam Negeri sebagaimana ditetapkan dalam Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 3 Tahun 2010 tentang Nomenklatur Kementerian Dalam Negeri. Pada akhirnya, Reformasi di bidang Organisasi ini memiliki arah dan tujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas pelaksanaan tugas dengan banyak manfaat yang diperoleh antara lain :

1. membangun aparatur negara yang efektif dan efisien;
2. membebaskan aparatur negara dari praktek KKN dan perbuatan tercela lainnya; dan 
3. agar birokrasi pemerintah mampu menghasilkan/memberikan pelayanan yang prima, amanah (good gevernance), citra dan  cita sebagai abdi masyarakat dan  abdi negara.